Atelier Quarto - Exercice 2

R sans WidgetHTML : tableau, graphe, carte, inline code

Auteur·rice

Guillaume Chrétien

Date de publication

20 novembre 2024

Prérequis : penser à installer tinytex en tapant quarto install tinytex dans le terminal (La première fois que vous essayer d’exporter en pdf, quarto vous le suggèrera de le faire). Un peu de documentation https://quarto.org/docs/output-formats/pdf-basics.html.

Chargement des librairies

Des packages bien utiles…

Un premier bloc de code (chunk en anglais) est utilisé pour charger les librairies R qui seront utilisées dans les blocs de code suivant.

Le détail du code

library(dplyr) # package pour manipuler les données
library(ggplot2) # package pour les graphes
library(sf) # package géographique de R
library(knitr)

Chargement d’un json et sélection de colonnes

R peut lire tous les formats, le geojson est un classique. R permet ensuite de manipuler ce fichier geojson, par exemple, sélectionner quelques colonnes et supprimer la colonne géométrie.

#### Fonction st_read du package sf pour lire un geojson
communes_mrn <- st_read("data/communes_mrn.geojson")

#### Utilisation du vocabulaire de dplyr pour sélectionner quelques colonnes 
communes_mrn_qqs_colonnes <- communes_mrn %>% 
  st_drop_geometry() %>% 
  select(nom, population, surface_ha)

Affichage d’un tableau

Et voici un affichage sous forme de tableau adapté à des rendus pdf ou docx avec la fonction kable

#### Affichage du tableau de donnée, oui c'est juste une ligne...
kable( communes_mrn_qqs_colonnes  )
nom population surface_ha
Elbeuf 16087 1632
Yainville 1037 331
Hénouville 1366 1069
Canteleu 13807 1761
Saint-Étienne-du-Rouvray 28331 1825
Petit-Couronne 8732 1280
Isneauville 3601 820
Jumièges 1693 1875
Saint-Jacques-sur-Darnétal 3108 1671
Fontaine-sous-Préaux 558 352
Maromme 10845 401
Freneuse 960 318
Bihorel 8197 251
Le Houlme 4149 297
Darnétal 9780 493
Orival 881 955
Tourville-la-Rivière 2562 800
Grand-Couronne 9731 1691
Les Authieux-sur-le-Port-Saint-Ouen 1254 453
Le Petit-Quevilly 21997 435
Bonsecours 6466 376
Caudebec-lès-Elbeuf 9996 368
Moulineaux 922 349
Notre-Dame-de-Bondeville 6966 628
Saint-Martin-du-Vivier 1675 500
Yville-sur-Seine 437 825
Cléon 4919 647
Saint-Léger-du-Bourg-Denis 3617 281
Épinay-sur-Duclair 510 661
Le Mesnil-sous-Jumièges 617 684
Berville-sur-Seine 544 701
Saint-Paër 1307 1836
Quévreville-la-Poterie 1029 468
Le Mesnil-Esnard 7925 507
Hautot-sur-Seine 396 216
Rouen 114187 2138
Malaunay 6160 925
La Londe 2351 3098
Ymare 1182 403
Saint-Pierre-de-Manneville 885 1021
Anneville-Ambourville 1176 2033
Sotteville-sous-le-Val 749 527
Déville-lès-Rouen 10644 316
Val-de-la-Haye 718 1016
Mont-Saint-Aignan 19686 794
Sotteville-lès-Rouen 29071 744
Belbeuf 2242 651
Saint-Aubin-lès-Elbeuf 8428 579
Roncherolles-sur-le-Vivier 1212 535
Bardouville 622 861
Saint-Pierre-lès-Elbeuf 8251 636
Franqueville-Saint-Pierre 6099 856
Gouy 898 497
Quevillon 593 1123
Houppeville 2918 2080
La Bouille 707 127
Saint-Aubin-Épinay 1020 983
Sahurs 1212 1123
Le Trait 4831 1752
Amfreville-la-Mi-Voie 3299 394
Montmain 1397 604
Saint-Aubin-Celloville 1180 672
Le Grand-Quevilly 26034 1111
Bois-Guillaume 14378 885
Saint-Pierre-de-Varengeville 2290 1318
Boos 3990 1403
Sainte-Marguerite-sur-Duclair 2027 726
La Neuville-Chant-d’Oisel 2378 2183
Oissel 12266 2219
Duclair 4010 1002
Saint-Martin-de-Boscherville 1536 1291

Un premier graphe

Ensuite, il est assez simple de faire un graphe avec la grammaire de base de ggplot (si la syntaxe vous paraît complexe, cf extension “esquisse”).

#### Difficile en pdf ou docx de représenter des graphes aussi complet qu'en HTML
#### Limitons nous aux 10 communes les plus peuplées
communes_mrn_top_10_pop <- communes_mrn_qqs_colonnes %>% 
  arrange(desc(population)) %>% 
  slice_head(n=10)

ggplot(communes_mrn_top_10_pop, aes(x = reorder(nom, population), y = population)) +
  geom_bar(stat = "identity", fill = "grey", color = "grey") +
  coord_flip() +
  labs(
    x = "Région",
    y = "Population"
  ) +
  theme_minimal()

Nombre d’habitants des 10 communes de la Métropole Rouen Normandie

Cartes

Une première carte pour vérifier les géométries

#### Au préalable, ici je reprojette mais ça n'est pas nécessaire
communes_mrn <- st_transform(communes_mrn, crs = 4326)

#### Ajout d'une carte leaflet
ggplot(data = communes_mrn) +
  geom_sf() +
  theme_void()

Géométrie des communes de la Métropole Rouen Normandie

Une carte en aplat de couleurs

ggplot(data = communes_mrn) +
  geom_sf(aes(fill = population)) +  
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "darkgreen") +
  theme_void() + 
  theme(
    legend.position = "right"  # Place la légende à droite
  )

Population des communes de la Métropole Rouen Normandie

Figures sur 2 colonnes

En paramétrant les options d’éxecution d’unbloc de code, il est assez simple de jouer sur la mise en page : https://quarto.org/docs/authoring/cross-references.html#computations. Ici dans les options du bloc de code il a été précisé :

#| echo: true
#| fig-cap: "Les communes de la Métropole Rouen Normandie"
#| fig-subcap:
#|   - "Géométrie"
#|   - "Population" 
#| layout-ncol: 2
ggplot(data = communes_mrn) +
  geom_sf() +
  theme_void()

ggplot(data = communes_mrn) +
  geom_sf(aes(fill = population)) +  
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "darkgreen") +
  theme_void() + 
  theme(
    legend.position = "right"  # Place la légende à droite
  )

Géométrie

Population

Les communes de la Métropole Rouen Normandie

Mélanger texte et résultats avec du inline

Il est aussi possible d’insérer des résultats dans le texte. Voici un bloc de code pour filtrer la population de la commune de rouen et formater le nombre avec séparateur de milliers.

pop_rouen <- communes_mrn  %>% 
  st_drop_geometry() %>% 
  filter(insee_com=='76540')  %>% 
  select(population) %>% 
  format(big.mark = " ")

Rouen compte 114 187 habitants. 

Dans cette phrase, le nombre d’habitants est issus directement du code grace à la syntaxe inline code.

Conclusion

L’en-tête YAML du document précisait :

format: 
  html:
    theme: [flatly, custom.scss]
    embed-resources: true
  pdf:
    toc: true
    number-sections: true
    colorlinks: true
  docx:
    reference-doc: custom-reference-doc.docx

En tapant quarto render dans le terminal, les 3 formats sont générés ! Très pratique, mais il faut avoir en tête qu’il n’y a pas de miracle :

  • il faut un peu tâtonner pour trouver la bonne mise en page pdf, il est complexe de personnaliser le look
  • il faut revenir manuellement sur la mise en page .docx mais il est assez facile de personnaliser le look pour adopter une charte graphique… et il est ensuite possible de générer un pdf classiquement via exporter en pdf.